肝臟膿瘍就是肝內化膿，症狀包括上腹痛、發燒及嘔吐等。患者可以透過超聲波或電腦掃描確診。肝臟膿瘍的治療方法包括靜脈輸液、使用抗生素以及膿液抽取引流。

肝臟水囊分兩種，一種叫做簡單水囊，另一種叫複雜水囊。簡單水囊屬於良性，十分常見，內部均勻沒有雜質。這種水囊通常不會有變化，不會增大亦不會縮小。

治療方面，一般來說簡單水囊無須治療，除非水囊非常巨大，壓迫內臓，影響消化。這種情況就須透過手術切除部分水囊外皮，放掉裡面的水。手術通常以微創方式進行。

至於複雜水囊，是指水囊不規則，外皮厚度不均勻，內皮可以有肉粒伸入水中，水質混濁，或是水囊內有隔膜。這種水囊可以是一個水囊型的腫瘤，有機會是良性或惡性，建議切除。而切除方式則不可以只切除部分水囊外皮，這樣做有機會導致水囊癌細胞擴散，所以需要整個水囊連同部分肝臟一起切除。

良性的肝腫瘤包括肝血管瘤、肝臟局部結節性增生及肝腺瘤。這些良性腫瘤通常由超聲波、電腦掃描或磁力共振發現，一般無須治療，除非腫瘤非常巨大，出現症狀，又或懷疑是癌症，才需要做手術切除。

惡性肝腫瘤包括肝細胞癌、膽管癌及肝轉移瘤。這些惡性腫瘤有時可以透過驗血發現，確診的話則需要做電腦掃描、磁力共振或正電子掃描。肝癌常見於乙型肝炎、丙型肝炎、肝硬化患者或酗酒人士。這類人士的肝臟本身的炎症有時會影響到肝癌的治療方式。如果肝功能不良，無法接受腫瘤切除術，可以考慮進行射頻消融術或微波消融術治療。如果肝功能許可，手術切除是惡性肝腫瘤最有效的治療方案。

膽結石相當常見。大約兩成膽結石病人會感覺到可持續數分鐘至數小時的疼痛，而這疼痛主要是因膽囊結石阻堵膽汁排出而致。膽結石嚴重時可導致膽囊炎，除了會引起腹痛之外，亦可能伴有嘔吐及發燒。膽石及膽囊發炎可以透過超聲波、電腦掃描或磁力共振診斷，而治療方法最好是經腹腔鏡膽囊手術切除。

如果膽石由膽囊排入膽管，便有可能造成膽管阻塞，症狀包括腹痛、發燒及黃疸等。膽管結石可以透過膽管鏡治療，利用內窺鏡將結石移除。

膽囊瘜肉通常只是膽囊內壁的小脂肪粒，會自行脫落，沒有害處。但如果膽囊瘜肉體積過大，例如一厘米以上，便很有可能是膽囊腫瘤。這些腫瘤一般是良性，但也有機會是惡性，建議以腹腔鏡膽囊手術切除。

假如影像掃描發現有膽囊癌，建議另外再接受正電子掃描，看看有否擴散。要治療膽囊癌，一般需要切除膽囊和附近的部分肝臟以及淋巴腺，才能徹底清除癌症。術後可能要繼續接受化療，防止復發。

膽管癌患者通常不會感到疼痛，但會發現皮膚變黃和小便變深色，有時候亦會發燒。患者驗血時會發現肝功能異常，另外接受超聲波、電腦掃描或磁力共振時會見到膽管擴張，在腫瘤位置則看到膽管閉塞。膽管癌需要手術治療。如上部膽管生癌，一般要切除膽管及部分肝臟；如下部膽管生癌，則需要接受胰頭十二指腸切除術，術後可能要繼續接受化療。

急性胰臟炎一般的病因是膽結石或酗酒。當膽石排入膽管後，有時會導致胰臟管阻塞，因而引起胰臟發炎；而喝酒過多則可引致急性或慢性胰臟炎。胰臟發炎時會出現上腹痛、噁心、嘔吐，嚴重時更會伴有發燒。胰臟炎患者驗血時會發現澱粉酶上升，另外可以透過電腦掃描或磁力共振檢視胰臟發炎的程度，若發現膽管有結石並造成阻塞，建議透過膽管鏡移除膽管結石，而其餘的胰臟炎併發症則可能需要各種不同的手術治療。

胰臟水囊通常是囊性胰臟腫瘤，一般屬於良性或是低度惡性。這些腫瘤包括胰臟偽囊腫、黏液性囊泡腫瘤，漿液性囊腺腫瘤和胰管內乳頭狀黏液性腫瘤。

胰臟偽囊腫的患者通常有急性胰臟炎的病史。如果囊腫較為細小，一般會自行消失，無須治療；但若果囊腫較大並出現症狀，則需要接受引流手術。

黏液性囊泡腫瘤有可能發展成惡性，掃描影像會顯示腫瘤外壁變厚和周邊鈣化，一般建議切除。

漿液性囊腺腫瘤則是由微囊組成的良性腫瘤。這類腫瘤不會變成惡性，因此無須切除。

胰管內乳頭狀黏液性腫瘤通常位於胰臟的頭部，有時伴有腹痛。磁力共振影像看上去像串葡萄，有可能發展成惡性，建議切除。

一般來說，如果胰臟水囊體積細小，很多囊性胰臟腫瘤的特徵都較難看得出來。再加上胰臟切除手術屬於較大型的手術，通常建議觀察，一年之後再做磁力共振掃描，如果水囊變大才建議切除，如果不變就繼續觀察。

胰臟癌及胰臟神經內分泌腫瘤均屬惡性胰臟腫瘤。如果腫瘤位處胰臟頭部，病人會發現胃口變差，皮膚逐漸變黃和小便變深色；胰臟體部和尾部的腫瘤則較少症狀，所以較難發現，患者有時會出現上腹疼痛或逐漸消瘦。一般胰臟癌的檢查包括電腦掃描、磁力共振及正電子掃描。如果沒有擴散，胰臟頭部腫瘤患者可接受胰頭十二指腸切除術；如腫瘤位於胰體或胰尾，則可接受胰尾側切除術，術後可能要繼續接受化療。